圣路易斯型脑炎主要做血清学检查和病毒分离，采用ELISA法检测血清，或脑脊液中特异性抗体，用于早期快速诊断，以补体结合，血清抑制试验及ELISA法检测血中抗体，第一周出现阳性，第二，三周抗体效价明显升高者支持诊断，死后脑组织分离病毒或脑组织冷冻切片，采用荧光抗体法检测到病毒而确诊。
美洲本病须与西方马脑炎、圣路易斯型脑炎、单纯疱疹性脑炎等鉴别诊断，目前这个病的病死率高，被受感染节肢动物叮咬之后，病毒在局部组织及局部淋巴结复制，灭蚊、防蚊及控制蚊虫孳生，是主要的预防措施。