苏黄止咳胶囊副作用相对较少，少数患者在服用药物以后，可能会出现轻度的恶心、呕吐、胃部不适感。特别是既往有胃炎、胃溃疡的患者，此症状更加明显，有时患者还可以感到口干、咽干等不适。
长期口服苏黄止咳患者可以导致便秘、消化道不良的症状，还可以产生腹胀。但大部分患者通过停药以后，此些症状多能较快的消失。少数患者还可引起头痛、眩晕、食欲不振、全身肌肉酸痛、乏力等不适，但多停药以后症状多能较快的缓解。
另外，对于既往有高血压、心脏病的患者，应该慎用。因为此些药物可能诱发血压升高或心慌、心悸等不适，对于孕妇患者也应该禁止使用。