直肠炎和结肠炎治疗时用药基本上一样，结肠炎的发作范围比较广，直肠也是结肠中的一小部分，所以在治疗时用药基本相同。
结肠炎和直肠炎是由于各种原因导致肠道黏膜损伤，患者会出现腹部胀气，肠蠕动加快时还会引起腹泻。很多患者出现结直肠炎会导致肠道菌群失衡，治疗时会应用益生菌类药物补充肠道有益菌，能减少有害菌的滋生，使肠道功能得到提升，有利于结直肠炎康复。
美沙拉嗪治疗肠道炎症性疾病效果也是比较好，用药后能抑制前列腺素释放，还有抗炎作用，也可以应用于结直肠炎。除此以外，结直肠炎在治疗时也可以服用柳氮磺胺吡啶，效果也比较明显。