做支气管镜有可能发生一些不良反应，甚至个别情况下可能会导致严重的不良反应，危及生命。但是支气管镜的检查一般情况下不良反应发生率较低，而且多数是轻度的不良反应。
首先，支气管镜检查的时候可能会导致恶心，也有可能会导致咳嗽、气道痉挛等相关情况。多数情形下病人能够耐受这些不良反应，支气管镜的检查可以顺利进行，少数情况下需要改为全麻下的气管镜检查。
此外，支气管镜检查有时也有可能会引起咳血或者气胸，个别情况下会导致大咯血或者张力性气胸，甚至有的时候还能够导致呼吸、心脏的骤停。这些严重不良反应有危及生命的可能。