治疗肛裂的药物主要是以肛门局部的用药为主，可以使用中药制剂进行熏洗，比较常用的有复方荆芥熏洗剂、康复新液以及黄柏涂剂。另外，在坐浴熏洗以后，可以使用硝酸甘油软膏进行局部的涂抹，对于肛裂的治疗都可以起到良好的效果，可以止疼，还可以促进裂口的愈合。
肛裂在早期的时候是以排便时的出血为主，如果治疗不及时反复发作，裂口进一步地加深形成溃疡会导致肛门括约肌外露，会出现剧烈的疼痛，甚至是会伴有哨兵性外痔以及肥大肛乳头的生长。
在发生肛裂以后，还是要积极地进行治疗，避免发展到陈旧性肛裂的阶段。如果已发展成陈旧性的肛裂，主要的治疗方法是需要通过手术治疗。