部分内分泌疾病会导致肥胖，瘦素、胰岛素、雌激素、雄激素和生长激素会影响食欲、新陈代谢和身体脂肪分布。
内分泌作为一个腺体系统，可以分泌激素进入血液，而激素作为化学信使对身体进行调节。如由胰腺分泌胰岛素，胰岛发生病变，影响体内胰岛素的自我调节，可以促进身体存储更多脂肪而引起肥胖。
内分泌疾病会造成体内分泌激素的腺体异常，影响激素的分泌水平，从而引起体内的脂肪代谢异常，造成体内脂肪的积累，因此是导致肥胖的因素之一。