食管良性肿瘤的治疗是以手术切除治疗为主，可以配合必要的药物治疗。
在手术治疗方面，包括外科手术切除以及内镜下的摘除手术。随着内镜下手术技术的发展，目前越来越多的食管良性肿瘤采用内镜下的手术摘除治疗，取得了良好的疗效，并且对病人身体损伤是比较小的。内镜下手术的摘除，通常采用黏膜剥离切除方法，可以将肿瘤进行完整切除。
外科手术主要适用于固有层起源的肿物，或黏膜下肿瘤可疑恶性的情况。
药物治疗主要是控制食管良性肿瘤所并发的临床症状。比如可以口服甲氧氯普胺片来控制胃酸的反流。如果有食管的溃疡形成，可以口服兰索拉唑胶囊，抑制胃酸的分泌。