甲下外生骨疣一般不会自行消散，要想彻底治愈需要进行手术切除。甲下外生骨疣在病理诊断上，是一种纤维性或骨性的结节，类似于瘢痕性增生的感觉，一旦发病一般不会自己消失。
没有什么比较好的外用药物，可以起到完全治愈的效果，临床上要通过手术切除肿物，才能够达到彻底根治的目的。
有可能随着医疗技术的发展，药物治疗水平的日益精进，未来某一天可以发明一种药物外用在外生骨疣上，能够起到消散肿物的作用与功效。