腺病毒感染最常见的是呼吸道感染，需要与其他病毒性呼吸道病原体和肺炎支原体引起的疾病相鉴别。
但是从症状上基本不能将他们分辨出来，需要通过在组织培养中检测到病毒，并通过免疫学检验来确定腺病毒感染的诊断，通过鼻腔、咽部及呼吸道分泌物，也可以进行快速的病毒诊断。腺病毒也与许多非呼吸道疾病有关，其中包括急性腹泻、流行性角结膜炎和出血性膀胱炎等。
需要与其他病原体导致的感染相鉴别，如细菌性痢疾、细菌导致的结膜炎和泌尿系统感染，这些疾病与腺病毒感染症状大体相似，都需要通过细菌培养来进行鉴别诊断。