结核菌感染会引发腹痛腹泻。结核菌感染导致肠结核的患者，会出现腹痛腹泻的表现。这类患者通常有肺结核等结核病的基础，往往会出现结核毒血症状，比如乏力、盗汗等表现，消化道表现以右下腹痛及腹泻或者便秘为主，需要及时就诊，及时治疗，否则容易引起肠梗阻等并发症。
肠结核的患者可以进一步做电子结肠镜检查，并取活组织病理检查，进一步明确病变的类型。治疗上需要长期口服抗结核药物治疗，对于腹痛的患者，可以应用一些抗胆碱能药物，比如山莨菪碱，腹泻严重的患者可以应用一些蒙脱石散等止泻剂，同时应该注意纠正水电解质和酸碱平衡紊乱，需要适量补液。
对于存在部分肠梗阻的患者，需要进行胃肠减压治疗，如果患者已经发展成完全性肠梗阻，建议手术治疗。