鳃裂瘘管是否会有后遗症出现，需要取决于疾病的严重程度，发病的频率以及治疗的情况。
如果鳃裂瘘管的病情比较轻微，仅表现为发育的异常。但是，并不存在有感染或化脓的情况，或者是患者在发现存在有鳃裂瘘管后，尽快通过手术的方式将其进行了切除，通常就不会留下后遗症出现。
但如果鳃裂瘘管反复地出现感染或者化脓的情况，甚至波及到了面部的神经，引发了较为严重的面瘫情况出现，或者是疾病没有得到有效的治疗，就有可能会导致严重的后遗症出现。