婴儿吃母乳拉肚子，可能是受凉感冒，或者由于母亲进食的食物过于寒冷，也有可能是不注意给婴儿腹部保暖，会引起拉肚子。如果给婴儿做粪便常规检查是正常的，可以给予止泻药以及益生菌治疗。
有可能是肠道感染，多见于细菌、病毒感染，造成肠道蠕动亢进，引起拉肚子，伴有腹痛、肠鸣等症状。
部分婴儿可能是对乳糖不耐受，是由于体内分泌的乳糖酶比较少，不能分解母乳中的乳糖引起的拉肚子。可以在喂奶之前给婴儿服用乳糖酶，能逐渐好转，也可以改为无乳糖奶粉喂养。