脑发育不良难以康复，但是可通过尽早发现、尽早治疗，使患儿得到最大程度的康复，提高患儿生活自理的能力改善他们的生活质量。但也有少数比较严重的脑发育不良患儿会出现夭折。
总之脑发育不良的预后，主要与脑发育不良的患病类型、具体病情程度有关，一般通过合理对症治疗，可使预后得到有效改善，但也有少数的患儿会完全生活不能自理，生活质量明显降低。
所以针对脑发育不良，应该重视做好预防，禁止近亲结婚，在婚前应该做有关的基因检测。怀孕的早期应注意加强营养，提高免疫力，防止感染病毒性疾病。