肛瘘拖久了有可能会造成以下一些后果：
首先，一些肛瘘在发作间歇期时，外口会出现闭合，而肛瘘会出现反复的感染，外口闭合瘘管内出现感染积脓时，脓液就有可能不经原外口破溃而从其他正常皮肤处破溃，从而增加肛瘘外口以及瘘管的数量，导致单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，会增加后期治疗的难度。
其次，肛瘘拖久了，局部会出现反复的感染，反复的炎症刺激有可能会导致瘘管组织出现变性甚至癌变。特别是一些病史超过10年以上的肛瘘患者，其癌变的概率会明显提高。
再次，长时间患病也会加重患者心理负担，导致患者消瘦、精神萎靡、焦虑等全身症状。