中医药治疗过敏性肠炎效果不错的，治疗上选用的中药方剂多采用舒肝理气、补肾健脾、清胃的方法，治疗效果因人而异，总体上效果不错。
过敏性肠炎的治疗，首先是找到、清除过敏原、截断过敏途径，给予抗过敏药物、激素、支持疗法和对症处理，病情就能逐渐好转，同时要保持清淡饮食，避免进食辛辣、刺激性食物。
过敏性肠炎多伴随腹痛、腹泻，因为长时间反复大便，很容易造成直肠粘膜水肿、充血、形成感染和溃疡出血，加大肛肠疾病的患病率和症状，所以也可采取中药保留灌肠的方式。