非结核分枝杆菌病和肺结核一样，痰抗酸染色和痰结核菌培养均为阳性，而且痰菌量更大。大部分非结核分枝杆菌存在于自然环境中，如水、土壤、灰尘等。生存于饮水系统中，可能是导致医院内感染的主要原因之一。
一般人和动物均有可能被感染，目前还没有发现动物传染人以及人与人之间传播的证据。人类是非结核分枝杆菌的主要致病对象，但致病力比较低，致病也有很强的机会性。
现在观点普遍认为，人可以通过呼吸道、胃肠道、皮肤等途径吸入或接触含有非结核分枝杆菌的灰尘、水、土壤而致病，没有人与人之间相互传播的证据。