慢性淋巴细胞性甲状腺炎的病因：
第一个有遗传因素的参与，这种疾病具有家庭聚集现象，HLA的这种基因决定了这个疾病的遗传易感性。
第二个就是免疫学因素，导致了甲状腺受损，虽然具体的机制并不清楚，但是由于先天性的免疫监视缺陷，器官特异的抑制性T淋巴细胞数量和质量的异常，从而导致了这种疾病的发病。
除此以外，环境因素也是这个疾病发生的主要因素，包括有感染和膳食中的碘化物的影响。
慢性淋巴细胞性甲状腺炎有两种类型，一个是桥本甲状腺炎，还有一个是萎缩性的甲状腺炎。它们共同的特点就是甲状腺自身抗体和有变化的甲状腺功能。不同点是桥本甲状腺炎甲状腺是肿大的，萎缩性甲状腺炎甲状腺是萎缩的。往往是认为萎缩性甲状腺炎可能是桥本甲状腺炎的终末期。