小腿两侧肌肉疼可能是小腿肌肉损伤导致的，也可能是腰椎间盘突出症导致的，另外也不排除与下肢动脉炎有关。
1.小腿肌肉损伤。在做完剧烈运动或过度疲劳以后，会使小腿两侧肌肉拉伤，局部会出现疼痛的症状，而且还可能会出现肿胀的表现。
2.腰椎间盘突出症。腰椎间盘突出症会压迫神经，从而会使下肢出现放射痛和麻木的症状，因此患者会出现小腿两侧肌肉疼痛的症状。
3.下肢动脉炎。下肢动脉炎为免疫性炎症，好发于四肢、冠状动脉以及下肢动脉，当下肢出现动脉炎时有炎症刺激或者是供血不足，会反射到神经出现疼痛的症状，严重时还会引起活动受限。