心源性脑血栓的确诊主要是根据症状、体征、查体以及检查。
心源性脑血栓通过询问，比如心脏病、骨折和气胸等栓塞的起源史，可以认为脑的症状是由栓塞引起的，脑栓塞多发生在急性期，约1/4患者在恢复期发生脑栓塞，症状通常在几个小时或很长时间内逐渐恶化，表现为进行性中风、脑脊液清澈、压力正常，CT或磁共振检查后24～48h可见低密度梗死区改变。
一般心房颤动容易引起心房壁血栓，容易脱落，引起大面积脑栓塞，建议根据症状来判断，在这种情况下患者很容易引起昏迷。