卵巢巧克力囊肿主要症状是慢性盆腔疼痛，继发性进行性加重的痛经，尤其在囊肿这个部位疼痛更加厉害。
有些女性还会出现月经的异常，例如月经量增多、经期延长、月经淋漓不尽等。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见的临床症状，是因为异位的子宫内膜在卵巢上而形成。由于每次月经来潮，异位的内膜也会剥脱而反复出血，并且因为周而复始的出血导致巧克力囊肿逐渐增大。一旦巧克力囊肿出现破裂后，囊液流入盆腔，患者出现剧烈下腹痛等急腹症的表现。
因此，如果发现有卵巢巧克力囊肿的情况，建议手术治疗。需要注意的是，术后还需要给予药物调理，以降低复发。由于该病对生育有一定的影响，对于有生育要求的女性，建议尽早在医生指导下计划怀孕。