临床上引起患者出现胆囊切除术后综合征的主要原因，是在手术过程中对胆管造成损伤，或者是由于患者出现有胆囊、胆管解剖学改变，造成肝外胆管损伤，而引起术后出现胆管狭窄。
另有部分患者由于在术后出现胆管周围感染，造成的胆管损伤，或者胆管闭塞等病情发生，而引起疾病发作。在患者出现胆道括约肌狭窄，或者急性炎症病情发生时，也可以引起胆囊切除术后综合征的病情发作。
另外如果患者在手术以后出现有胆炎代谢异常，或者植物功能神经紊乱，对胆汁的排泄造成影响时，也可以引起这种疾病。