百日咳最开始表现的症状与感冒相似，一般会持续1到2个星期左右，像流鼻涕、低烧、轻微咳嗽等，这在临床上被称为初始期。然后病情慢慢加重，成人一般是有咳嗽表现的，会出现阵发性的咳嗽，每一次会咳十几声，最后会咳出痰或者呕吐。
对于婴幼儿，可能不会咳嗽，但会表现为呼吸困难甚至心跳停止，这在临床上称为痉咳期，一般会持续1到6个星期。到最后，咳嗽会慢慢的消失，这个时期就是恢复期。剧烈咳嗽导致一些并发症，像咳嗽过于剧烈可能会引起肋骨骨折、腹疝等，有的会导致皮肤或者眼部的血管爆裂。
百日咳的治疗一般都需要住院，治疗方法一般是静脉补液和抗生素，选用的抗生素有红霉素、罗红霉素等。经过治疗后，患者的症状会逐渐减少，并恢复健康，这个过程大约需要1到2周。