疱疹性咽峡炎的治疗，主要是根据患者的身体症状进行支持性的疗法。
疱疹性咽峡炎本身属于一种具有自限性的疾病，因此症状轻微时，是不需要使用各种药物来治疗。患者可以通过卧床休息、大量饮水以及清淡的饮食，就可以促进病情的痊愈。当患者出现身体高热的表现时，可以选用对乙酰氨基酚来进行解热镇痛的处理。
当患者出现咽喉的剧烈疼痛的症状时，可以选用布洛芬等止痛类的药物来缓解疼痛感，恢复正常的饮食等的功能。当患者出现脱水的症状时，可以进行补液的治疗。