普通肠镜检查大约需要10~20分钟。其中包括进镜，大约需要3~6分钟，退镜需要6~10分钟。一些中、高资历的内镜医师耗费时间较短，大概是10~15分钟，一些较低资历的内镜医生，耗费时间约在20~30分钟。
如果患者做无痛肠镜检查，需要给患者使用麻药使患者进入熟睡状态。麻醉后复苏所需要的时间大约15~20分钟，根据患者个体情况，苏醒时间也有差异。
建议患者做完肠镜检查后，不要吃过于辛辣刺激的东西，平时要注意多休息、注意保暖，防止引起肠道炎症或痉挛等并发症。