小儿先天性巨结肠的治疗，主要是采取保守治疗和手术治疗的方法两种方法。
第一是保守治疗，主要是用于宝宝症状比较轻，也就是痉挛段比较短，可以采取保守治疗，一般情况下也是可以根治的。
如果遇到宝宝体重比较低，就是低于6斤以下，或者是宝宝体质营养比较差，宝宝症状比较严重，为手术前做准备，这时候也一定要采取保守治疗的方法。可以给宝宝口服一些缓泻剂泻药或者是外用开塞露或者是甘油栓，也可以给宝宝采取灌肠的方法配合给宝宝腹部按摩，适当的让宝宝多哭一哭都可以促进胃肠道的蠕动，协助排便。
第二是手术治疗，如果保守治疗失败且宝宝病情比较加重，出现了严重的腹胀或者是出现了一些严重的并发症小肠结肠炎，必须要采取手术治疗的方法，但是要根据宝宝的具体情况选择不同的手术方式和手术途径，同时在手术以后也要注意一些相应的并发症，比如感染、术后的肠梗阻。小肠结肠炎或者是术后的吻合口瘘，所以必要时还要给宝宝采取二期手术治疗的方法。