由于胰腺外分泌功能异常、胰酶缺乏引起慢性腹泻，可以补充消化酶，在补充消化酶时，要注意有肝功能异常或胆道梗阻的时候不宜应用。
但是引起慢性腹泻的原因很多，比如慢性感染性腹泻，是需要根据病原体应用抗病毒药物或抗生素来治疗的。代谢内分泌疾病，如甲亢、糖尿病等所致的腹泻，需要积极治疗原发病，改善甲亢的高代谢状态，积极控制血糖。
炎症性肠病所致的慢性腹泻，需要应用氨基水杨酸类药物和糖皮质激素治疗，不需要补充消化酶。功能性腹泻的老年患者，如合并有消化不良症状的，也可以加用消化酶来改善症状。