肛瘘第一次做手术后，如果伤口出现反复疼痛、流脓水，这种情况需要做第二次手术，二次手术后是会出现疼痛，也不会特别痛苦的。因为做手术过程当中会打麻药，手术过程当中是不会感觉疼痛的，术后也可以用麻药镇痛。当麻药的药效过后，刚开始会出现有疼痛感，随着时间的逐渐延长，疼痛会减轻。
术后也要注意局部的护理，每天用温水坐浴或用清热解毒的中药水坐浴，每天伤口进行换药处理，避免感染。饮食要清淡，避免吃辛辣刺激的食物，多吃新鲜的蔬菜、水果，保持大便通畅，每次便后要清洗肛门，防止细菌感染。
在创伤面没有完全愈合之前，不要长时间坐着，最好能采用俯卧位或者侧卧位休息，以免压迫伤口不利于伤口的愈合。