内生性软骨瘤和软骨肉瘤最大的区别就是肿瘤的性质不同。内生软骨瘤是一种良性肿瘤，软骨肉瘤是一种恶性肿瘤，所以在病理改变基础以及症状体征、转归、治疗方面都会产生明显的差异。
内生软骨瘤一般在骨髓腔内呈膨胀性的生长，进展相对缓慢，同时一般不会造成周围软组织结构的侵袭和破坏。而软骨肉瘤比较严重，可以发生在骨髓腔，也可以发生在骨皮质，也可以发生在骨膜外的软骨，所以部位并不恒定。另外软骨肉瘤进展相对比较快，造成周围组织的广泛侵袭破坏，产生局部的严重症状，甚至产生远处的转移。
治疗方面由于其性质不同，手术的切除范围是不同的，手术的术后处理也是不同的。