吞咽困难的原因主要考虑通道堵塞、吞咽器官功能障碍，以及神经病变三个方面。
1.通道堵塞常见于扁桃体肿大、咽喉部占位，以及食管的狭窄、肿块，其机制是肿物限制了食团的通过，导致吞咽困难。
2.吞咽器官功能障碍常见于舌、会厌损伤、重症肌无力等情况，以上疾病使得负责吞咽的肌肉无法协调收缩，进而导致吞咽困难的发生。
3.神经性病变常继发于脑卒中、脑出血等可对控制吞咽的神经造成损伤的疾病。外伤、医疗事故也可导致在外周走行的神经损伤，产生相似症状。