卵巢巧克力囊肿是良性还是恶性，主要依据手术后切除下来的组织病理检查而定。
在临床上，大部分卵巢巧克力囊肿还是良性的。但是对于有反复发作的巧克力囊肿，尤其复发的囊肿大小偏大，在这种情况下，不能排外有恶变的可能。因此，如果发现有巧克力囊肿，建议手术治疗，并且在术后给予药物进行系统性的调理，以降低囊肿的复发。
卵巢巧克力囊肿属于女性子宫内膜异位症的一种类型，也是常见的类型。不仅仅有慢性盆腔痛、痛经等症状，对卵巢功能以及生育也有一定的影响。因此，对于有计划怀孕的女性，建议术后尽早在医生指导下计划备孕。