马方氏综合征的患者，因为容易合并很多脏器的功能衰竭。所以对于马方氏综合症的治疗，一般是治疗它的并发症。目前对于马方氏综合征，并没有特效的治疗，因为80%的马方氏综合症的患者会合并先天性心血管畸形，所以对于先天性心血管病变，应尽早的手术修复。
对心功能不全、心律失常者应内科治疗，一旦确诊合并有主动脉瘤或心脏瓣膜关闭不全就，应立即给予手术治疗，并且要注意避免过度劳累激烈运动。
随着目前医学的发展，对于马凡症引起的主动脉瘤夹层、心脏关闭不全等手术，成功率已经达到了90%以上。所以此类患者如果合并的心血管疾病一定要及时手术治疗，对于马方氏综合症引起的眼科问题，也是通过手术治疗，因为并没有特效的口服药物可治疗。