麦胶性肠病主要的引发因素麦胶，与遗传、免疫有关，但是当前引发的病因并不明确。主要和下面的这几种学说有一定的关系。
遗传学说，和这个疾病有一定的关系，亲属之间的发病几率明显要超过于一般的人，如果是孪生兄弟之间，几率可能在90%以上。
免疫学说，可能会导致病人小肠黏膜的淋巴细胞，明显要比正常人高出两倍到6倍左右，而且血浆中抗麦胶蛋白也会增加，所以这可能也是引发的主要因素。
临床上如果之前感染过腺病毒，几率也会更高。