导致龟头疼痛的原因如下：
1.包皮龟头炎。如果存在包皮过长的男性不注意生理卫生，容易引起包皮龟头炎，炎症会对龟头造成刺激，就会导致龟头疼痛、瘙痒，甚至会出现糜烂、渗出等症状，要尽早进行抗菌、消炎处理。
2.阴茎损伤。暴力性交或者是阴茎遭受了外力的撞击，可能会导致龟头部位出现损伤，就会引起剧烈的疼痛。在严重时应就医治疗，避免影响到阴茎的勃起功能。
3.尿道结石。当结石卡在尿道中时，可能会引起剧烈的疼痛，可累及龟头部位，导致龟头疼痛。