消化不良分为器质性消化不良和功能性消化不良两种。
器质性消化不良一般是由消化系统的器质性病变，如胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性胆囊炎、慢性胰腺炎甚至恶性肿瘤等引起，此时需要根据病因治疗原发病。例如，应用抑酸药治疗消化性溃疡，增加胰酶制剂改善胰酶不足，手术治疗胆石症，手术、化疗等方法治疗恶性肿瘤，根除病因才能消除消化不良症状。
功能性消化不良，常表现为有消化不良症状但各种检查没有明显的异常。可由多种原因引起，针对胃肠蠕动减弱可以使用莫沙必利、多潘立酮等药物改善胃动力；有幽门螺杆菌感染的可以根除治疗，合并有焦虑、抑郁的病人可以进行心理治疗，加用抗焦虑和抑郁的药物。