目前对于阴茎短小的治疗，大多数是选择手术治疗，很少通过口服药物治疗。
对于因为先天性因素导致的阴茎不发育，而出现的阴茎短小，睾酮水平低下的，可以口服十一酸睾酮等睾酮类激素治疗，通过补充睾酮水平来刺激阴茎的发育。除此之外，一般都不选择口服药物。男性在青春发育期结束以后阴茎就停止发育，并没有药物能让阴茎出现二次发育，只有通过阴茎增大、延长手术，才能解决小阴茎的问题。
这里需要强调，阴茎短小的诊断比较严格，只要勃起能达到一定的长度，能完成性生活就不属于阴茎短小，也就不需要做特殊治疗。