青春期由于性激素水平低下导致的阴茎短小，可服用十一酸睾酮药物，可最大限度帮助阴茎外观的发育和生长。
性发育成熟后而有的阴茎过度短小，目前临床单一无特效药物治疗，需要结合疾病的诱因，针对性地制定治疗方案来进行处理。由于过度短小不能进入阴道完成性交，可考虑阴茎延长手术方式进行处理。不同个体间存在大小以及长短的差异，只要测量的值在正常范围之内，可不需要做任何的治疗和处理。
最好是就诊到临床泌尿专科专业手法测量阴茎的尺寸，必要时进行性激素、染色体等检查后制定治疗方案。