患者出现两侧上颌窦黏膜下囊肿的情况，需要根据上颌窦腔内囊肿的大小、位置以及对鼻腔、鼻窦通气引流功能的影响程度，来决定处理方式。
大部分的患者上颌窦腔内的囊肿体积可能会比较小，患者自身也常常会没有明显的特殊不适症状感受，对鼻腔、鼻窦通气引流，也不会产生明显的不良影响。这种情况下，就不需要进行特殊的治疗处理，可以长期随诊观察。
如果患者两侧上颌窦黏膜下囊肿体积较大，造成了对周围骨壁明显的压迫，甚至产生反复的炎症感染的情况，就往往需要通过进一步的手术治疗来改善症状。