上颌窦黏膜囊肿的处理，主要有下列几个方面：
1.针对较小的上颌窦黏膜囊肿本身，尤其是患者没有任何明显的临床症状的情况，一般是不需要特殊治疗。
2.针对较大的上颌窦黏膜囊肿，患者临床症状比较多，有明显的睡觉打呼噜、鼻子不通气、上颌窦胀痛、头晕、头痛等表现时，可以通过手术的方式来治疗。
3.在明确导致上颌窦黏膜囊肿以及上颌窦堵塞出现的原因之后，应根据原发疾病。例如鼻炎、鼻窦炎或鼻息肉等疾病，选择相对应的抗病毒、抗生素等药物来治疗，避免上颌窦黏膜囊肿更加严重。