肺脓肿是有并发症。
当肺脓肿的脓壁破裂、脓液进入胸膜腔，可以形成复杂性肺炎旁胸腔积液，严重者可以并发脓胸。部分患者还可因此形成包裹性胸腔积液，严重者可以出现胸膜的黏连、肥厚、胸膜纤维化等情况。少数患者还可以继发支气管胸膜瘘、胸膜皮肤瘘。部分肺脓肿患者随着病情的进展，可形成脓气胸。
如果肺脓肿未得到及时有效的控制，还可导致肺炎和脓毒血症形成，严重者可出现肺外脓肿形成， 例如肝脓肿、脑脓肿等。还有部分患者还可形成慢性肺脓肿。严重的患者因胸腔积液、肺炎、大面积肺部感染等导致了呼吸衰竭的并发症出现。