肺脓肿的危害众多，首先会导致患者出现明显的不适感，例如患者多可以出现畏寒、发热、咳嗽、咳大量脓性痰，部分患者还可以出现咯血、喘闷等症状。如果肺脓肿变为慢性肺脓肿，此时患者除了不规则发热之外，还可以出现消瘦、贫血、低蛋白血症等全身慢性中毒的症状，部分老年患者有可能预后不良。
此外，部分严重的肺脓肿还可以产生并发症，造成一定的危害，例如脓腔破溃，脓液进入胸腔形成脓胸，诱发呼吸衰竭、气管胸膜瘘、局部胸膜粘连、肥厚等，部分患者还需要手术的治疗。
故肺脓肿一旦发现，要及早抗感染、祛痰等综合的支持对症治疗，促使肺脓肿尽快痊愈，以降低其危害。