肛周脓肿根治术后复发率并不高，其复发率一般低于10%。
肛周脓肿根治术时，在切开脓腔的同时需要对脓腔进行探查，并且需要找到脓肿的感染源，也就是肛周脓肿的内口，并且连同内口一并切开。低位的脓肿可以直接切开，而高位的脓肿可通过挂线术切开，所以，术后一般情况下并不会复发。少数脓肿比较复杂，或者有多个内口，就有可能在手术时遗漏了内口的处理，从而导致术后复发。
肛周脓肿还有一种手术方式为单纯切开引流术，这种手术方式没有对内口进行处理，所以多数会在术后发展成为肛瘘而导致复发。