胚胎质量不好的原因可能与女性的卵细胞发育不良有关系，与男性的精子质量减弱有关系，父母家族中有这种遗传基因的是有直接的关系的。精子和卵子在着床的时候位置不正常、父母双方染色体有异常、孕妇自身体内激素分泌不足等都有可能。
某些药物的影响，辐射或者是环境因素的影响，也可能导致胚胎质量不好，这些也是重要的因素。
或者胎儿是意外怀孕的，没有备孕的阶段，男女双方或者一方有抽烟、喝酒的习惯，饮食上也不是特别的注意，寒性的物质也吃的比较多，生活不是很规律，经常熬夜等，这些也会影响到胚胎的质量。