支原体肺炎的疗程一般在2~3周，可以通过临床表现及辅助检查结果，来综合判断是否治愈。
早期使用适当的抗生素治疗可以减轻症状，缩短病程。一般通过止咳、消炎治疗，症状可在三天内明显好转，如咳嗽、胸痛等症状明显减轻，在疗程结束后可以进行一些实验室检查来进行疗效的评估。
如果胸部的X线、CT影像表现正常，血常规正常、肺炎支原体特异血清学试验IgM呈阴性，或抗体滴度阴性，或抗体滴度小于正常滴度的4倍，均可提示肺炎支原体已经治愈。由于支原体肺炎影像学表现较实际延迟，X线或CT残留轻微斑片影可自行吸收，此时不需要再进行药物治疗。