做肛瘘手术有可能需要做肠镜检查。在临床上，有部分的肛瘘患者需要行肠镜检查，但相对比较少。
主要原因是一些炎症性肠病或者特殊类型的肠道感染，例如克罗恩病或者肠道结核，也有可能会并发肛瘘，特别是肛门周围一些复杂性的肛瘘。因为如果术前没有及时的控制症状，会导致患者术后肛瘘切口无法愈合以及术后复发。
所以如果肛瘘患者平时有肠道的症状，例如平时有黏液便、腹泻，或者腹痛等等临床症状时，就需要在手术前进行肠道检查，以排除这些疾病。