肛瘘进行肠镜的检查，主要的目的就是排除是不是有炎症性肠病的存在，比如患者有克罗恩病的情况。克罗恩病可以发生肠外的表现，出现肛瘘的情况。
如果有克罗恩病的情况下，在急性的发作期，进行肛瘘的手术治疗，往往会导致手术创面的迁延不愈，影响到患者术后的恢复。另外，通过肠镜的检查也需要排除是不是有肠道肿瘤、肠息肉等异常增生性的疾病存在，避免发生疾病漏诊的情况。
肛瘘是在肛门周围皮肤的位置形成外口，外口会反复地流脓和流水，可以刺激肛门周围的皮肤出现潮湿、瘙痒、刺痛。如果处于急性发作期，还可能会出现肛门局部的红肿和疼痛，所以在诊断明确之后，排除手术禁忌证，及早地进行手术治疗。