肺栓塞需要与肺炎、心肌梗死，以及脑炎等疾病鉴别。由于肺栓塞会造成短时间内出现咳嗽、咳痰、胸痛、呼吸困难、大汗，甚至晕厥、神志丧失等情况，短时间内会造成患者的突然死亡，故临床上需要与其它急性病鉴别。
肺栓塞出现的呼吸困难、胸痛、咳嗽、咳痰等情况，需要与肺炎进行鉴别。肺炎出现咳痰，然而症状会相对较轻，经过血培养、胸片等可以协助诊断。早期应用有效抗生素，会及时控制住症状，只有发展到重症肺炎，才可能会影响到患者生命。
心梗会发生突然的心脏骤停，往往有冠心病等危险因素。