儿童疱疹性咽峡炎常采用抗病毒药物、抗生素退烧药物、止疼药物。
1.抗病毒药物。儿童疱疹性咽峡炎由病毒感染所引起，首先采用抗病毒的药物进行治疗，可以口服利巴韦林颗粒或者清热解毒的中成药，例如蒲地蓝、蓝芩口服液等。
2.抗生素。若患儿合并咽喉部黏膜急性炎症感染，则需要采用抗生素抗感染治疗，比如头孢类的抗生素等。
3.退烧药物。儿童疱疹性牙炎多会引起儿童发热，若体温在38.5℃以下，则采用物理降温即可。若体温超过38.5℃，则需要采取退烧的药物，比如对乙酰氨基酚、布洛芬混悬液等。
4.清热的药物。儿童疱疹性咽峡炎会导致儿童咽部疼痛，若疼痛难忍，可以采用清热的药物，例如西瓜霜润喉片、银黄含化片、口腔炎喷雾剂等。