新冠和流感合并感染后是否有后遗症，要根据具体的病情来定。
当新冠病毒和流感病毒同时感染机体以后，此时肺组织的炎性损伤更加明显，全身炎症反应综合征的程度也会更加明显。患者病情较重，并发症也有可能会更多。但对于少数病情相对较轻的患者，有可能无明显的后遗症。但大多数重症患者，有可能遗留有肺间质性的改变或肺纤维化的形成。
部分患者还可以继发心肌的损伤，遗留有慢性心力衰竭。还有部分康复者伴有营养不良、肌肉萎缩等后遗症。故对于此类新冠和流感叠加感染的重症患者，如果有相关后遗症形成，需要积极地进行康复锻炼和治疗，来改善生活质量和预后。