脾脓肿有可能会复发。当脾脓肿行保守治疗后脓肿尚未完全消失，在抵抗力下降时，脓肿可再次复发并增大。
在脾脓肿出现复发时，仍然需要选择敏感抗生素抗感染治疗以及加强营养、提高抵抗力等对症支持治疗。如果延误病情，有可能会造成脓肿破溃或者是出现败血症等严重后果。
如果脓肿较大者，通过保守治疗无效者或者有明显临床症状者，需要通过手术行脾脏切除术。若在术中发现脓肿与周围脏器粘连较紧密，切除风险较大时，可考虑行脓肿切开引流手术。