军团菌肺炎的治疗主要以抗感染治疗为主。军团菌肺炎的一线治疗方案多以早期使用大环内酯类抗生素，或喹诺酮类的抗生素单药物进行治疗。但由于国家和地区差异，其具体治疗方案多不尽相同。
在我国的军团菌肺炎诊疗指南中，建议一线用药有阿奇霉素、红霉素、左氧氟沙星、吉米沙星以及莫西沙星。对于危重症患者可选择联合用药，即大环内酯类抗生素和喹诺酮类抗生素联合使用，但使用期间需要警惕心脏相关的不良反应。
军团菌肺炎的诊治均应在正规医疗机构中，由专业医师进行，其治疗方案及方案调整均应由专业医师制定。